스파이더맨 2는 두 주인공 피터 파커와 마일즈 모랄레스로 진행됩니다. 게임 초중반부는 강력한 사냥꾼 빌런 크레이븐에 맞서는 스토리가 이어집니다. 크레이븐은 강적을 사냥하고자 하는 목표를 위해 두 스파이더맨들에 의해 수감된 범죄자들을 풀어줍니다. 그 과정에서 마일즈 모랄레스에게 있어 최고의 숙적 마틴 리가 납치됐고, 죄를 뉘우치고 평범한 생활을 이어가던 툼스톤이나 샌드맨 등 전작 빌런을 습격하기도 합니다. 크레이븐과 맞서면서 피터 파커와 베놈의 스토리가 함께 전개됩니다. 피터의 친구 해리는 선천적인 질병을 치료하기 위해 심비오트라는 강력한 치유능력을 가진 외계생명체를 사용했습니다. 게임을 진행하다 보면 해리는 심비오트의 강한 힘 일부를 사용할 수 있게 되고, 스파이더맨과 힘을 합쳐 사건을 해결하기도 합니다..
